La biblioteca del Museo, a disposizione del personale del Sistema Museale di Ateneo, è composta da circa 2000 volumi, in gran parte dedicati alla storia della scienza. È presente un piccolo fondo storico con volumi antichi che vengono periodicamente esposti nelle sale del Museo.

La biblioteca fornisce un servizio di consultazione in sede e document delivery agli utenti che ne facciano richiesta. Il catalogo è consultabile on-line tramite l’Opac d’Ateneo.

L’archivio del Museo, con documenti che si riferiscono ad un arco cronologico molto esteso (dall’inizio del XV al XX sec.), ha una natura composita, con materiali di provenienza varia. In parte i documenti furono trasferiti al Museo alla sua fondazione (negli anni ’30 del ‘900) da istituti universitari in trasferimento ad altre sedi o prossimi alla soppressione e dall’archivio dell’Università, in parte furono acquistati da antiquari e privati o provengono da donazioni. In alcuni casi non è tuttavia possibile ricostruire con esattezza l’iter dell’acquisizione del documento.

La porzione più consistente del materiale è relativa agli studi medici, ma si conservano anche documenti che riguardano la storia dell’Università nel suo complesso e tutte le discipline, sia scientifiche che umanistiche. Nel complesso, la documentazione costituisce una importante integrazione di quanto conservato all’Archivio di Stato di Pavia (antico archivio dell’Università) e all’Archivio storico dell’Università.

L’inventario del materiale è consultabile in sede e parzialmente on line nelle pagine di Lombardia Beni Culturali.